北京泰德圣投资有限公司是北京中关村科学城建设股份有限公司的关联单位。北京泰德圣投资有限公司成立于2006年，注册资本6000万元，已取得私募证券投资基金管理人登记（登记编号：P1032050），并已先后发行了泰德圣-日升多策略优选（SM1702）、泰德圣-阳光量化稳健1期（SCX969）、泰德圣-阳光量化成长1期（SCX970）等三只私募证券投资基金产品。
北京中科天宁投资有限责任公司成立于2007年，是隶属于北京中关村科学城建设股份有限公司关联单位的私募股权投资管理公司，是中国科学院绿色城市产业联盟成员之一。
福建玛塔生态科技有限公司是北京中关村科学城建设股份有限公司的关联单位，创立于2011年，是一家集牡蛎产业面源污染市场化综合治理、牡蛎壳生物改良材料研发、制造、应用等为一体的高新技术企业。
南通金融科技城有限公司是北京中关村科学城建设股份有限公司控股子公司。公司成立于2014年，注册资本10000万元人民币，占地约11万平方米，总建筑面积约21万平方米，由69幢700-1700㎡生态企业公馆、6.5万平方米地下停车库以及3.8万平方米的商务配套组成，投资额超过10亿。
宁波电子信息集团有限公司是北京中关村科学城建设股份有限公司的关联单位。宁波电子信息集团有限公司成立于1998年8月， 是由原宁波市电子仪表工业局成建制转体后重组的有限责任公司，是宁波电子行业协会的会长单位。
农银人寿保险股份有限公司是由北京中关村科学城建设股份有限公司参股的全国性人寿保险公司。公司成立于2005年，总部位于北京，并在北京、浙江、辽宁、山东等地设立了包括22家分公司在内的近400家分支机构。
